На вкус и цвет ..... Свою работоспособность показывают оба, контроль трафика есть тоже в обоих, в 3 версии это вроде сделано штатно, в 2.9 плагином. Если у тебя еще нет 2, то наверное лучше сразу брать 3. О настройках того и другого лучше брать документацию и примеры переабатывать под себя.
Создается поток, которому могут соответствовать как отдельные машины, так и сети, а вот уже для него и выставляются ограничения.
В 3 может быть тоньше и гибче этот процесс (имхо).
Сами настройки и того и другого серверов интуитивно понятны. Но вот уже при самой настройке (если возникают трудности) обращаешь сюда и получаешь конкретный совет.